Su molekülü hidrojen ve oksijen içerir, ancak bu iki elementin ayrılması için elektroliz gibi bir işlem gereklidir. Elektroliz süreci oldukça enerji yoğun bir süreçtir ve genellikle kullanılan enerji miktarı, elde edilen hidrojenin enerji değerinden daha fazladır. Bu durum, suyun doğrudan bir enerji kaynağı olarak pratik olmadığını gösterir.
Bununla birlikte, hidrojenin depolanması da zorluklarla doludur. Güvenli bir şekilde depolanabilmesi için yüksek basınç altında tutulması gerekir. Ayrıca, hidrojenin doğada serbest halde bulunmaması, üretim sürecinin ek enerji tüketimine yol açar. Bu da, hidrojenin yenilenebilir olmayan enerji kaynaklarından üretilebileceği anlamına gelir, bu da sürdürülebilirlik açısından önemli bir sorundur.
Bunların ötesinde, termodinamiğin birinci yasası da suyun yakıt olarak kullanılmasının zorluğunu belirtir. Bu yasa, suyun elektroliz ile ayrıştırılması için gerekli olan enerjinin, elde edilen hidrojenin yeniden birleştirilmesiyle oluşabilecek enerjiden daha fazla olacağını gösterir. Dolayısıyla, suyun doğrudan bir enerji kaynağı olarak kullanılması verimsizdir ve pratikte uygulanması zorlaşır.
Bu nedenlerle, su ile çalışan araçlar yerine, hidrojenin diğer enerji depolama ve taşıma yöntemleriyle entegre edildiği farklı yaklaşımlar daha uygundur. Bu yaklaşımlar, hidrojenin kullanımını optimize ederek enerji verimliliğini artırabilir ve çevresel etkilerini azaltabilir.